[image 03185] OMERO workshop in Kobe / OMEROワークショップのお知らせ(Oct 25, 2018)

Shuichi Onami sonami @ riken.jp
2018年 9月 10日 (月) 13:22:06 JST



下記のとおり、理化学研究所では英国University of Dundeeを中心とした国際グループが開発している、テラバイトレベルの顕微鏡画像データの管理と活用のソフトウェアであるOMEROの初歩的なワークショップを開催することになりました。OMEROは欧州を中心に、生命医科学分野の顕微鏡画像データの管理と活用の国際的なデファクトスタンダードになりつつあるソフトウェアです。

OMERO Open Workshop in Kobe 2018 : Call for Participation

(Please scroll down for information in English)


OMERO (http://www.openmicroscopy.org) はテラバイト単位の顕微鏡画像を管理することを目的に、Jason Swedlow 教授らのグループにより開発されたソフトウェアプラットフォームです。OMEROは顕微鏡画像を安全に管理しインターネット上で共有/利用できるフリーのソフトウェアプラットフォームです。

この度、その開発者である英国ダンディー大学のJason Swedlow教授と彼のチームにより、OMEROワークショップを神戸で行っていただくこととなりました。このワークショップでは、実際にOMEROを使いながら顕微鏡画像を視覚化して分析する実践的なチュートリアルを体験することができます。


【開催日】	2018年10月25日(木) 13:00~17:00
【会 場】	神戸市 理化学研究所融合連携イノベーション推進棟 (IIB)8階
【アクセス】	(アクセス(東エリア), 神戸キャンパス建物配置図KE02)
【参加費】	無料
【懇談会】	17:30~19:30 \2,000; 学生: 無料
【言語 】	英語
【定員  】	50 名
【申 込】	下記ホームページより参加登録をお願いいたします。

	• OMEROの基本的な使い方(プログラミングのスキルは必要ありません)。
	• OMERO APIを用いたアプリケーションを使用した手動データ処理から自動処理ワークフローへの移行方法
	• CellProfiler、ImageJ、RなどのツールとOMEROの連携方法
	• 解析データの作成方法
	• OMEROサーバーの管理方法



問い合わせ先: 国立研究開発法人理化学研究所
生命機能科学研究センター 発生動態研究チーム
E-mail: onami-sec@riken.jp

Omero Open Workshop in Kobe 2018 : Call for Participation

OMERO is a free open source client-server software for managing, visualizing and analyzing microscopy images and associated metadata. OMERO allows scientists to securely store their microscopy images while making those images shareable and available from anywhere via the Internet for yourself and other users sharing your OMERO instance. You can also use OMERO to publish your images to the world if you choose to do so.

We are very glad to have Professor Jason Swedlow and his team from the University of Dundee, UK to come to present at this workshop in Kobe Japan. In this workshop you will be able to learn more about OMERO. You can learn how to use the software to visualise and analyse microscopy images through a hands-on tutorial.

Venue: 		8F, RIKEN Integrated Innovation Building (IIB), Kobe JP
                             (Access, KE02 on the campus map)
Date and time: 	Thursday 25th October 2018 13:00~17:00
Fee: 		Free
Reception: 	17:30~19:30 \2,000 (free for student)
Language:	English (Japanese Q&A support on twitter)
Registration:	http://ssbd.qbic.riken.jp/event/omero2018

Content of this workshop:

It does not assume any programming skills unless stated otherwise.
	• The basic usage of OMERO.
	• How to transition from manual data processing to automated processing workflows using applications against the OMERO API.
	• How to integrate a variety of processing tools with OMERO such as CellProfiler, ImageJ, R.
(Basic programming skills are advantageous, but you will be able to follow in any case)
	• How to program and generate output ready for publication.
	• We will also demonstrate command line tools available to system administrators to manage an OMERO server. (It does not assume any programming skills but some familiarity with command line interfaces is advantageous.)

No prior knowledge in microscopy, scripting and data analysis is required.

** Please note that it is recommended to bring your own laptop to the workshop.

Any student / researcher dealing with scientific images is more than welcome to join this workshop.

We look forward to your active participation!

For further enquiries and information:
RIKEN BDR, Laboratory for Developmental Dynamics
E-mail: onami-sec @ riken.jp

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